Berdasarkan undang-undang No 35 Tahun 2009, status kelembagaan BNN menjadi Lembaga Pemerintah Non-Kementrian (LPNK) dengan struktur vertikal ke Provinsi dan kabupaten/kota. Di Provinsi dibentuk BNN Provinsi, dan di Kabupaten/Kota dibentuk BNN Kabupaten/Kota. BNN dipimpin oleh seorang Kepala BNN yang diangkat dan diberhentikan oleh Presiden.
Saat ini, BNN telah memiliki perwakilan daerah di 33 Provinsi. Sedangkan di tingkat kabupaten dan kota, BNN telah memiliki 100 BNNK/Kota. Secara bertahap, perwakilan ini akan terus bertambah seiring dengan perkembangan tingkat kerawanan penyalahgunaan Narkoba di daerah. Dengan adanya perwakilan BNN di setiap daerah, memberi ruang gerak yang lebih luas dan strategis bagi BNN dalam upaya P4GN
Sejarah BNN Provinsi Jawa Tengah
- 16 Juli 2008
Dengan terbitnya Peraturan Presiden Nomor 83 Tahun 2007 tentang Badan Narkotika Nasional, Badan Narkotika Provinsi (BNP) dan Badan Narkotika Kabupaten/Kota (BNK), maka dibentuklah BNP Jawa Tengah yang memiliki kewenangan operasional melalui kewenangan Anggota BNN terkait dalam satuan tugas, yang mana BNN-BNP-BNKab/Kota merupakan mitra kerja pada tingkat nasional, provinsi dan kabupaten/kota yang masing-masing bertanggung jawab kepada Presiden, Gubernur dan Bupati/Walikota, dan yang masing-masing (BNP dan BN Kab/Kota) tidak mempunyai hubungan struktural-vertikal dengan BNN.
- 29 Desember 2010
Dengan disahkan Undang-Undang Nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika, sebagai perubahan atas UU Nomor 22 Tahun 1997, Berdasarkan UU Nomor 35 Tahun 2009 diperkuat dengan Peraturan Presiden No.23 tahun 2010 tentang Badan Narkotika Nasional bahwa BNN bersifat vertikal dan mempunyai BNNP serta BNNK dibawahnya. Maka BNP Jawa Tengah dilikuidasi atau dibubarkan.
- 19 April 2011
Dengan turunnya SK Kepala BNN RI No: Kep/51/IV/2011/BNN tanggal 19 April 2011 tentang Pengangkatan Dalam Jabatan di Lingkungan Badan Narkotika Nasional Atas Nama Kombes Polisi Soetarmono DS, SE, M.Si NRP. 59030831. Mulailah terbentuk BNNP Jawa Tengah dibawah pimpinan beliau, dengan status gedung yang masih pinjam pakai milik Pemerintah Daerah Jawa Tengah sampai sekarang, dan beralamat di Jl. Madukoro Blok BB Semarang 50144.